故事發生在打倒地下帝國10年後，兜甲児早已不再是駕駛員而成為了科學家，但某日地獄博士竟再次出現，似乎與在富士山地底的巨大遺蹟及內裡的新角色有關，鐵甲萬能俠Z的最後一戰即將開始，到底兜甲児會如何決擇呢？